La direction de la Comptabilité procède aux affectations et aux imputations comptables des paiements, reçus sur les comptes dont les receveurs sont titulaires, ainsi qu'aux opérations de remboursement de trop-perçus validées par les receveurs.
Elle vérifie aussi les comptes financiers, gère les transferts entre ses différents comptes, et procède, si nécessaire, aux désimputations et réaffectations correctes en cas d'erreur ou d'absence de communication.
Elle assure également une mission de contrôle de la régularité du versement des recettes disponibles sur le compte du Comptable centralisateur et sur le compte du Receveur général.
Finalement, elle gère et contrôle les flux de versements, aux tiers, des montants perçus pour leur compte (communes...)