La direction du Contrôle des dépenses contrôle et valide les demandes de réservation de crédits (engagements budgétaires) et veille à la concordance des engagements juridiques au regard des engagements budgétaires. Après vérification en sa qualité d'Unité de contrôle des liquidations, elle valide les demandes de liquidation (ordonnancement et paiement par trésoriers décentralisés).
Elle assure les relations avec le SPF Finances (obligations en matière de TVA, fiches fiscales 281.93) et la Banque nationale de Belgique (déclaration INTRASTAT, F01DGS, Building blocks).
Elle procède à l'archivage et à la conservation des dossiers comptables.
Elle coordonne les relations avec la Cour des comptes (communication de dossiers comptables lors des opérations d'audit, réponse aux rapports d'audit) et avec le public en matière de paiement. Elle gère les données bancaires des bénéficiaires-fournisseurs et les transferts de bénéficiaires.
Elle participe à la gestion des contentieux.