La direction des Programmes de recherche coordonne, élabore et gère des programmes de recherche régionaux, fédéraux et internationaux. Elle évalue, finance et contrôle les projets de recherche introduits par les universités, hautes écoles, centres de recherche agréés ou entreprises wallonnes, et remet des avis d’opportunité, tout en évaluant l’impact de ces projets
Elle coordonne l’agrément et le financement des centres de recherche, et assure la représentation de la Région dans une série d’instances et de plateformes européennes en matière de Recherche et Développement (R&D). Elle soutient, en outre, l’intégration des acteurs économiques régionaux dans les réseaux européens.
Enfin, elle évalue et gère des projets cofinancés par les Fonds structurels européens, octroie des primes « Horizon 2020 » aux PME dans le cadre de la préparation, le dépôt et la négociation d'un projet introduit à une action de l'Union européenne en matière de R&D, et gère la convention NCP-Wallonie.