La Cellule Programme Seine-Escaut participe à l'élaboration, coordonne et suit les plans, projets et dossiers stratégiques transversaux qui lui sont confiés par le Gouvernement wallon et par le SPW MI. En outre, elle en assure ses rapportages et sa représentation. Dans ce cadre, elle gère le programme Seine-Escaut et coordonne les projets qui en dépendent.
Elle développe les outils nécessaires à ses missions pour assurer la gestion de ces programmes d'investissement. Elle veille à la mise à jour des données dans les différentes bases de données.
Elle définit et contrôle la stratégie et les budgets d'investissement des programmes.
La cellule gère à la demande les projets constituant les programmes dont elle a la charge.
Grâce à son expertise, la cellule est également sollicitée par d'autres administrations belges et étrangères, des coopérations internationales, des entreprises et des bureaux d'études publics ou privés. Elle participe aussi à des commissions techniques et des projets R&D (Recherches et Développement) belges, européens et internationaux. En collaboration avec les autres directions du Département Expertises Hydraulique et Environnement, la cellule assiste, à leur demande, les directions territoriales dans la mise en place des processus de gestion et participe à la mise à jour des données pour la gestion du patrimoine.