La direction des Politiques transversales Région/Communauté a notamment pour mission de rassembler et de coordonner différents dispositifs de politiques croisées avec la Communauté française. Dans ce cadre, elle octroie des incitants financiers et des primes pour la formation en alternance à destination des employeurs, des apprenants et des opérateurs de formation ; elle subventionne également des organismes qui pilotent le dispositif de formation en alternance.
La direction gère, par ailleurs, les projets d'équipements informatiques et de connectivité des écoles et assure leur accompagnement technique et pédagogique dans la mise en place de leur projet pédagogique intégrant les TIC (technologies de l’information et la communication).
Elle gère également des subventions octroyées à des organismes actifs dans la définition, le développement et la validation des compétences. Elle subventionne aussi une série de structures qui favorisent les synergies entre les mondes de l’Éducation, de la Formation et de l’Emploi, et qui développent des actions d’orientation, tout au long de la vie, des actions de sensibilisation aux métiers et des formations initiales et continues.