La direction des Programmes européens assure la gestion administrative et financière des projets cofinancés par l'Union européenne via le Fonds européen de développement régional (FEDER). Ce fonds a pour vocation de renforcer la cohésion économique et sociale dans l'Union européenne en corrigeant les déséquilibres entre ses régions.
La direction des Programmes européens coordonne le Programme wallon de Développement Rural également cofinancé par l'Union européenne. Il s'agit de la mesure de « Liaison Entre Actions de Développement de l'Économie Rurale », mieux connue sous son acronyme LEADER. Elle supervise la gestion administrative et financière des projets agricoles, environnementaux et transversaux de cette mesure.
En matière de pêche et d'aquaculture, la direction des Programmes européens participe également à l'élaboration, à la coordination et au suivi des programmes européens.