La direction des Structures agricoles gère les aides à l'installation et aux investissements concernant les secteurs agricole, aquacole et horticole, ainsi que les coopératives et autres entreprises dans la première transformation et commercialisation dans le secteur agro-alimentaire et sylvicole.
Elle gère également les garanties publiques pour l'agriculture les aides aux groupements, les aides à la promotion, le programme à destination des écoles (“Fruits et légumes à l'école” et “Lait à l'école”), les aides européennes au secteur des fruits et légumes, les mesures d'intervention (Stockage public et Stockage privé), les aides européennes à l'apiculture, les agréments des laiteries lié aux stockages, le suivi des mesures déléguées, les certificats à l'exportation et à l'importation de produits agricoles, le retrait des fruits et légumes du marché et les aides de crises/exceptionnelles. Enfin la Direction assure également le suivi des mesures déléguées.