La direction des Cours d'eau non navigables a pour mission la gestion intégrée, équilibrée et durable des cours d'eau, qui concilie leurs fonctions hydraulique, écologique, économique et socio-culturelle, en relation avec le débit solide (sédiments) et le débit liquide des rivières dans le respect des habitats aquatiques. Elle est garante de leur bonne qualité hydromorphologique, au travers des travaux qu'elle réalise, des autorisations domaniales qu'elle délivre, des conseils et avis qu'elle remet, des aides et subsides qu'elle accorde, de l'évolution des cadres juridique et méthodologique qu'elle propose.
Elle pilote l'élaboration, la mise en œuvre et le suivi des Plans de Gestion des Risques d'inondation – PGRI (https://inondations.wallonie.be) et des Programmes d'Action sur les Rivières par une approche Intégrée et Sectorisée – PARIS (https://paris.spw.wallonie.be) par les différents acteurs concernés, constituant ainsi le moteur du des processus de concertation et de solidarité amont-aval à l'échelle des sous-bassins hydrographiques.
Elle effectue notamment des études hydrologiques, hydrauliques (https://hydrometrie.wallonie.be) et hydromorphologiques, propose et planifie les travaux en résultant.
Sa mission englobe la problématique de la circulation sur et dans les cours d'eau (http://kayak.environnement.wallonie.be), la gestion des crises (inondations, sécheresses), ainsi que la lutte contre les espèces exotiques envahissantes.